miércoles, 14 de marzo de 2012

4.1 REPLICACIÓN DEL GENOMA PROCARIÓTICO

Hay 1 lugar de origen de replicación que se muestra en la horquilla de replicación (replication fork) y que señala el avance de la copia. La horquilla (fork) indica que se está haciendo la separación y la replicación a la vez. El avance es bidireccional, lo que acorta el tiempo. En el sitio en que empieza la replicación se organizan las proteínas en un complejo llamado replisma. La replicación del ADN en procariotas sucede a una velocidad de 500 nucleótidos por segundo.



MECANISMO DE DUPLICACIÓN EN PROCARIONTES:



3ª etapa: corrección de errores.
La enzima principal es la ADN polimerasa III, que corrige todos los errores cometidos en la replicación o duplicación. Intervienen otros enzimas como:
  • Endonucleasas que cortan el segmento erróneo.
  • ADN polimerasas I que rellenan correctamente el hueco.
  • ADN ligasas que unen los extremos corregidos

4.2 REPLICACIÓN DEL GENOMA EUCARIÓTICO

Es similar a la de los procariontes, es decir, semiconservativa y bidireccional. Existe una hebra conductora y una hebra retardada con fragmentos de Okazaki. Se inicia en la burbujas de replicación (puede haber unas 100 a la vez).

Intervienen enzimas similares a los que actúan en las células procariontes y otros enzimas que han de duplicar las histonas que forman parte de los nucleosomas



. Los nucleosomas viejos permanecen en la hebra conductora.






BIBLIOGRAFIA
http://www.botanica.cnba.uba.ar/Pakete/3er/LosCompuestosOrganicos/1111/ADN-Duplicacion3ro.htm#_Toc58828969



El ADN es cerrado y circular y ocurre en tres etapas:
1ª etapa: desenrrollamiento y apertura de la doble hélice en el punto ori-c.
Intervienen un grupo de enzimas y proteínas, cuyo conjunto se denomina replisoma.
o   Primero: intervienen las helicasas que facilitan en desenrrollamiento
o   Segundo: actúan las girasas y topoisomerasas que eliminan la tensión generada por la torsión en el desenrrollamiento.
o   Tercero: actúan las proteínas SSBP que se unen a las hebras molde para que no vuelva a enrollarse.



2ª etapa: síntesis de dos nuevas hebras de ADN.
  • Actúan las ADN polimerasas para sintetizar las nuevas hebras en sentido 5´-3´, ya que la lectura se hace en el sentido 3´-5´.
  • Intervienen las ADN polimerasa I y III, que se encargan de la replicación y corrección de errores. La que lleva la mayor parte del trabajo es la ADN polimerasa III
  • Actuá la ADN polimerasa II, corrigiendo daños causados por agentes físicos.
La cadena 3´-5´ es leída por la ADN polimerasa III sin ningún tipo de problemas (cadena conductora). En cambio, la cadena 5´-3´ no puede ser leída directamente, esto se soluciona leyendo pequeños fragmentos
(Fragmentos de Okazaki) que crecen en el sentido 5´-3´, los cuales se unirán más tarde. Esta es la hebra retardada, llamada de esta forma porque su síntesis es más lenta.


La ADN polimerasa III es incapaz de iniciar la síntesis por sí sola, para esto necesita un cebador (ARN) que es sintetizado por una ARN polimerasa (=primasa). Este cebador es eliminado posteriormente.


viernes, 9 de marzo de 2012


TAREA

EXPERIMENTOS DE MESELSON Y STAHL

Meselson y Stahl (1957) diseñaron un experimento para tratar de averiguar la forma en la que se realiza la replicación del ADN en E. coli, es decir, la pregunta que se plantearon fue: ¿Qué modelo de replicación del ADN sigue E. coli, semiconservativo, conservativo o dispersivo?.

Para contestar a esta pregunta, diseñaron un experimento en el que marcaban el ADN de la bacteria E. coli con Nitrógeno pesado N15,

·         para ello hicieron crecer las bacterias durante 14 generaciones sucesivas en un medio que contenía como única fuente de Nitrógeno N15. Durante estas 14 generaciones el ADN de las bacterias las bacterias se había sintetizado con bases nitrogenadas con Nitrógeno pesado (N15).


·         Posteriormente, comprobaron que podían distinguir el ADN del las bacterias que crecían en un medio normal (con N14) del ADN de las bacterias que habían crecido durante 14 generaciones en N15.

·         Para ello extrajeron el ADN de ambos tipos de bacterias y lo centrifugaron en un gradiente de densidad de CsCl.

El resultado fue que la densidad del ADN de las bacterias que habían crecido en presencia de N15 era mayor que el ADN de las bacterias que habían crecido con N14

Una vez comprobado que eran capaces de distinguir el ADN de ambos tipos de bacterias, continuaron el experimento de la siguiente forma: Las bacterias que habían estado creciendo en Nitrógeno pesado (N15) las pasaron a un medio de cultivo que contenía N14 (Nitrógeno normal) y a distintos tiempos, media generación, una generación, dos generaciones, tres generaciones de replicación, tomaban una muestra del cultivo bacteriano, extraían el ADN y centrifugaban en gradiente de densidad de CsCl.
Esquema Experimentos Meselson y Stahl (1958)
Cuando extraían el ADN de las bacterias que llevaban una generación creciendo en N14 y centrifugaban en CsCl, obtenían una sola banda de densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N14 y el ADN N15. Si extraían el ADN de las bacterias que llevaban dos generaciones creciendo en N14 y centrifugaban en gradiente de CsCl obtenían dos bandas, una correspondiente al ADN N14 y otra de densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N14 y el ADN N15. La absorbencia  a 260 nm es directamente proporcional a la cantidad de ADN que contiene una banda, de manera que al medir la absorbencia de las dos bandas obtenidas en la segunda generación, obtenían que ambas contenían igual cantidad de ADN (1:1). Al extraer y centrifugar en CsCl el ADN de las bacterias que llevaban tres generaciones creciendo en N14, obtenían dos bandas, una correspondiente al ADN N14 y otra de densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N14 y el ADN N15. La cantidad de ADN que contenía la banda correspondiente al ADN N14 era tres veces mayor que la encontrada en la  banda de densidad intermedia (N14-15), proporción (3:1).

Los resultados obtenidos por Meselson y Stahl (1958) se ajustaban a un modelo de replicación semiconservativo. Para asegurarse, aislaron la banda de ADN de densidad intermedia (N14-15) obtenida a partir de las bacterias que llevaban una generación en N14, desnaturalizaron el ADN de la banda mediante calor para separar sus dos hélices y, manteniéndolas desnaturalizadas, centrifugaron en CsCl. Si la replicación de E. coli se ajustaba al modelo semiconservativo, una de las hélices debería estar construida con N15 (la vieja) y la otra hélice con N14 (la nueva) y, al centrifugar en gradiente de densidad esperaríamos obtener dos bandas una más densa correspondiente a la hélice construida con N15 y otra menos densa sintetizada con  N14. El resultado obtenido por Meselson y Stahl (1958) fue precisamente el esperado para una replicación semiconservativa.



Si la replicación del ADN de E. coli se ajustará al modelo Conservativo al centrifugar el ADN de las bacterias después de un generación en medio con N14, hubieran obtenido dos bandas una de densidad correspondiente al N14  y otra de densidad correspondiente al N15. Nunca habrían observado, en este caso,  una banda de ADN de densidad intermedia (N14-15).
En el experimento de Meselson y Stahl para la replicación del DNA, si las células se hacen crecer, durante muchas generaciones, primero en un medio que contiene 15N y después en un medio que contiene 14N, ¿qué porcentaje del DNA tiene una hebra ligera y una hebra pesada después de 2 generaciones de crecimiento en el medio con 14N? 

Experimento de Meselson y Stahl

Meselson y Stahl en 1957 aportaron la evidencia experimental de que cada hebra de DNA sirve como molde para la síntesis de una nueva, en un proceso llamado replicación semiconservadora. 
  • E. coli que ha crecido en 15N (isótopo pesado).
  • Se cambia a un medio con 14N (ligero) y después de una, dos o tres generaciones se toman muestras de DNA.
  • Se mezclan con cloruro de cesio y se separan los DNA pesados de los ligeros.

Métodos experimentales 

Los DNA de densidades pesada, ligera e intermedia se pueden separar por centrifugación.

BIBLIOGRAFÍA
http://www.biologia.arizona.edu/molecular_bio/problem_sets/nucleic_acids/06t.html
http://www.biologia.edu.ar/adn/adntema1.htm
http://genemol.org/biomolespa/Enzimas/replication.html

jueves, 8 de marzo de 2012


INTRODUCCION

REPLICACION DEL ADN
La replicación del ADN produce una copia de sí mismo por medio de enzimas que además de ser muy exactas poseen un sistema de reparación de errores. El mecanismo de replicación es esencialmente el mismo en todas las células. Es un proceso semiconservativo porque cada uno de los dos ADN hijos tiene una cadena del ADN anterior.
Una vez que se comprobó que el ADN era el material hereditario y se descifró su estructura, lo que quedaba era determinar como el ADN copiaba su información y como la misma se expresaba en el fenotipo. Matthew Meselson y Franklin W. Stahl diseñaron el experimento para determinar el método de la replicación del ADN. Tres modelos de replicación era plausibles.




1.     Replicación conservativa durante la cual se produciría un ADN completamente nuevo durante la replicación.



2 .     En la replicación semiconservativa se originan dos moléculas de ADN, cada una de ellas compuesta de una hebra del ADN original y de una hebra complementaria nueva. En otras palabras el ADN se forma de una hebra vieja y otra nueva. Es decir que las hebras existentes sirven de molde complementario a las nuevas.




3. La replicación dispersiva implicaría la ruptura de las hebras de origen durante la replicación que, de alguna manera se reordenarían en una molécula con una mezcla de fragmentos nuevos y viejos en cada hebra de ADN.

OBJETIVOS
ü  Entenderá las bases moleculares del control de la expresión génica y de la manipulación del ADN mediante el empleo de las diferentes técnicas moleculares que le permitan desarrollar proyectos de investigación básica y aplicada.
ü  Entenderá como se transmite la  información genética entre los seres vivos y su relación con los mecanismos de herencia.
ü  Distinguirá los mecanismos de duplicación del  material genético en procariotas y Eucariotas.

METODOLOGIA
Organizar mis documentos según vallan a avanzando las clases e ir subiendo los temas  según las clases.

viernes, 2 de marzo de 2012

DESARROLLO

DESARROLLO

Organismos procarióticos son aquellos en los que no existe la separación entre núcleo y citoplasma. Dentro de este grupo se incluyen las bacterias, a las que dedicaremos la mayor parte del curso.
Mención aparte merecen los virus, partículas inanimadas de material genético protegido por capas más o menos complejas de proteínas y lípidos. Carecen deactividad metabólica cuando se encuentran libres.
En general, las células procarióticas son más simples que las eucarioticas ya que estas contienen membranas internas que diferencian órganos celulares (aparato de Golgi,retículo endoplásmico, vacuolas, etc.) no presentes en las células procariotas. En estas el citoplasma es continuo y se encuentra lleno de ribosomas encargados de llevar a cabo la traducción del mensaje genético en proteínas.
Las células eucarióticas son el resultado de una simbiosis establecida hace muchos millones de años entre células procarióticas (que han dado lugar a las mitocondrias) y un núcleo eucariótico (el núcleo de nuestras células). A causa de esta simbiosis, ciertos agentes químicos que son activos frente a procariotas pueden resultar tóxicos para eucariotas al actuar sobre sus mitocondrias. Estas simbiosis estables entre organismos de diferentes orígenes son relativamente frecuentes y se dan en organismos patógenos como, por ejemplo, el Plasmodium productor de la malaria o paludismo.
VIRUS
Los virus son partículas inanimadas de material genético protegido por capas más o menos complejas de proteínas y lípidos. Carecen de actividad metabólica y, por consiguiente, no tienen actividad ninguna relacionada con la producción de alimentos. Sin embargo, pueden estar relacionados con la producción de patologías transmitidas a través de productos alimentarios (virus de la hepatitis A, por ejemplo). Sólo nos referiremos a ellos, por consiguiente, en el campo de la patología.



MATERIAL GENÉTICO EN VIRUS
La mayoría de los virus, presenta un sólo cromosoma formado por ADN o ARN que puede ser unicatenario, bicatenario, lineal o circular.
Los fagos de bacterias están rodeados por una cubierta de proteínas e inyectan su cromosoma al interior de la bacteria. El cromosoma del virus puede seguir dos rutas dependiendo del tipo de fago que sea:
FAGO VIRULENTO: siempre sigue la ruta lítica.
FAGO TEMPERADO: pueden seguir la ruta lítica pero normalmente siguen la ruta lisogénica según la cual el fago está en la célula como un profago.
CICLO LÍTICO
1.     1º Un fago se adhiere a la célula hospedadora e inyecta su ácido nucleico en la célula.
2.    2º Con la "maquinaria" de la bacteria, el fago replica su material genético y sintetiza sus proteínas mientras que el cromosoma del huésped se degrada.
3.    3º Los fagos se ensamblan en el interior de la célula huésped.
4.    4º La bacteria se lisa y los fagos quedan libres.

CICLO LISOGÉNICO
1.     El fago se adhiere a la célula hospedadora e inyecta su material genético.
2.    La célula, tiene, en estos momentos, dos ADN circulares (uno de ellos del fago).
3.    El ADN del fago se integra en el cromosoma de la célula huésped.
4.    Se produce entonces la lisogenia: la bacteria es portadora del ADN del fago pero es inmune a su acción lítica aunque sí que pueden infectar a otras bacterias no resistentes a estos virus y provocar su lisis.
MATERIAL GENÉTICO EN BACTERIAS.
El cromosoma bacteriano se compacta formando una estructura llamada NUCLEOIDE. Es un cromosoma circular y bicatenario formado por ADN, ARN y proteínas básicas. Se produce una interacción entre el ADN cargado positivamente y las proteínas cargadas negativamente.
Junto al cromosoma se pueden encontrar plásmidos.
DIFERENCIAS ENTRE EUCARIOTAS Y PROCARIOTAS.
La diferencia fundamental está en la cantidad de ADN que es inferior en procaioras que en procariotas como por ejemplo: en E. coli el ADN mide 1.3 mm y tiene 4.2 Mb mientras que una célula humana tiene 1.8 mm y 6000 Mb pero si hay 10 elevado a 13 células, el ADN humano mide 2 x 10E13 m.
En la siguiente tabla se muestran las diferencias más importantes:
EL CROMOSOMA EUCARIÓTICO.
Los cromosomas se encuentran en el núcleo celular separados del resto de la célula por la membrana nuclear. Un cromosoma tiene tres partes fundamentales: centrómero, telómero y los brazos.
El centrómero (constricción cromosómica primaria) es la estructura a la que se une el huso acromático. La región centromérica aparece normalmente como un y su posición define la relación entre las longitudes de los dos brazos centroméricos que es una característica muy útil. Según la posición del centrómero los cromosomas se clasifican en:
·         Telocéntricos con el centrómero en un extremo.
·         Acrocéntricos con el centrómero alejado del centro.
·         Metacéntricos con el cromosoma en el centro.
Los telómeros son secuencias situadas en los extremos de los cromosomas que les dan estabilidad. Se encuentran sobre todo en los cromosomas eucarióticos lineales.
El número de nucleolos difiere de un organismo a otro, variando entre uno y muchos. Los nucleolos contienen ARN ribosómico, un componente muy importante de los ribosomas. Los nucleolos se encuentran situados en las constricciones secundarias de los cromosomas llamadas organizadores nucleolares, que ocupan lugares específicos en el cromosoma.
En los centrómeros y telómeros se encuentra asociado ADN satélite que son segmentos de ADN altamente repetitivo y moderadamente repetitivo.
ADN Circular
Cualquiera de las moléculas de ADN covalentemente cerradas que se encuentran en bacterias, muchos virus, mitocondrias, plástidos, y plásmidos. También se han observado ADNs pequeños, circulares y polidispersos en un número de organismos eucarióticos y se ha sugerido que tienen homología con el ADN cromosómico y en la capacidad de insertarse en él, y escindirse del ADN cromosómico. Es un fragmento de ADN formado por un proceso de formación y de deleción de un asa, que contiene una región constante de la cadena pesada mu y la parte 3 de la región de cambio mu. El adn circular es un producto normal de la reordenación entre los segmentos del gen que codifica las regiones variables de las cadenas ligeras y pesadas de las inmunoglobulinas, así como de los receptores de las células T.

Las proteínas asociadas al ADN son las denominadas histonas. Son polipéptidos relativamente cortos cargados positivamente (básicos) y por lo tanto atraídos por cargas negativas del ADN (ácido). Son sintetizadas durante la fase S de síntesis del ciclo celular. Una de las funciones de esas proteínas está relacionada con el empaquetamiento del ADN en la forma del cromosoma: los 2 metros de ADN de la célula humana son empaquetados en 46 cromosomas de un largo combinado de aproximadamente 200 nm. La célula tiene unas 90 millones de moléculas de histonas siendo la mayoría perteneciente a un tipo conocido como H1. Se conocen cinco tipos de las siguientes histonas (H1, H2A, H2B, H3, y H4 , 8 moléculas en total); con la excepción de la H1 la mayor parte de las histonas de los eucariotas son muy similares.

ADN cromosómico: cromosoma bacteriano

ADN extracromosómico: elemento facultativo (plásmidos,
bacteriófagos atemperados, etc.)

Libres o unidos al cromosoma (episomas).

Propiedades importantes pero no esenciales para la
vida bacteriana.

Replicación independiente del núcleo

Transferencia a otras células o herencia a células hijas.

Contienen información para su replicación y proteínas
reguladoras.
Adquisición por conjugación, transducción y posibilidad de perderlos (curación)

3.1.3.1 PLÁSMIDOS
Plásmidos, pequeños fragmentos circulares de ADN, están presentes practicamente en todas las células bacterianas. Contienen de 2 a 30 genes. Algunos tienen la capacidad para incorporarse o salir del cromosoma bacteriano.
Son elementos extracromosómicos, moléculas pequeñas de ADN que están libres en el citoplasma. Los plásmidos llevan información genética y se replican dando lugar a nuevos plásmidos que se incorporan a las células hijas en la división celular. Algunos de ellos pueden integrarse en el cromosoma. Los plásmidos pueden tener funciones diversas y algunos de ellos son plásmidos R, Col, y el factor F cuando está en estado citoplásmico.
Elementos genéticos circulares
autoreplicativos
Tipos:
Conjugativos. Factor F (HFR)
Factores de resistencia a antimicrobianos.
Conjugativos (genes r y Hfr) y no conjugativos.
Plásmidos de virulencia
Plásmidos productores de antimicrobianos







Acción biológica:
Lisis bacteriana
Fagotipo
Integración en cromosoma
Morfología y estructura
Cabeza, cuello, cola, placa basal.
Los virus son partículas virales, son organismos dotados de extraordinaria simplicidad, pertenece a un nivel de organización. De forma completa.
En la cabeza se contiene el ADN
·         Se copia el ADN
·         Se comienza a copiar la cabeza las patas
·         Se asamblea
Tiene genes para que rompa la bacteria.
3.1.3.3 TRANSPOSONES
Los transposones son fragmentos de ADN incorporados en el ADN cromosómico. A diferencia de los episomas y profagos, los transposones contienen un gen que produce una enzima que cataliza la inserción del transposon a un nuevo sitio. También tienen secuencias repetidas de cerca de 20-40 nucleótidos de largo pegadas a cada extremo. Las secuencias de inserción son cortas (60 a 1500 pares de bases de longitud). Los transposones simples no tienen mas genes que los necesarios para la transposición. Los transposones complejos son muchos mas largos y pueden llevar genes adicionales. Los genes incorporados en los transposones complejos se conocen como "genes saltarines" dado que pueden moverse a lo largo del cromosoma y también de cromosoma en cromosoma.
3.2 ORGANISMOS EUCARIOTICOS

El término genoma se usa para referirse a todos los alelos que posee un organismo (o una población, especie, o un gran grupo taxonómico). Si bien la cantidad de ADN de una célula diploide es constante para una especie, existen grandes diferencias entre las mismas. Homo sapiens tiene 3.5 X 109 pares de bases y la Drosophila tiene 1.5 X 108, por genoma haploide. Mucho del ADN de cada célula no tiene función o bien la misma no es conocida. Solo el 10% del ADN eucariota codifica para proteína. Los virus y procariotas aparentemente usan mucho más sus ADN.
Prácticamente la mitad del ADN eucariota corresponde a secuencia nucleotídicas repetidas. Las secuencias que codifican proteínas están interrumpidas por regiones que no codifican. Las secuencias no codificantes se denominan intrones. Las codificantes exones.


La mayor parte de los genes estructurales de los eucariotas contienen intrones. Si bien se transcriben, estos intrones son cortados (solo en apariencia un proceso ineficiente) antes de la síntesis proteica. Es decir el ARN sufre un proceso de edición, que puede resultar en diferentes péptido (para el caso de un mARN). El número de intrones varía para cada gen, pueden encontrarse inclusive en tARN y gene virales!.Generalmente cuanto mas complejo y de reciente evolución el organismo, mas numerosos y grandes los intrones.¿ Que surgió primero? ¿Genes continuos sin intrones o genes interrumpidos por intrones? Se ha propuesto que los intrones promueven la recombinación genética (vía crossing-over), y por lo tanto aumentan la velocidad de evolución .Los exones codifican diferentes regiones funcionales de las proteínas.